Trường PTDTBT THCS Mường Mươn có tiền thân là Trường THCS Mường Mươn(nay là trường PTDTBT THCS Na Sang), được chia tách và thành lập vào ngày 15 tháng 6 năm 2007 theo quyết định số 525/QĐ- UBND của UBND huyện Mường Chà, huyện Mường Chà, tỉnh Điện Biên. Tọa lạc trên lưng chừng đồi rộng lớn tại bản Huổi Vang- xã Mường Mươn, với diện tích 17.615,8 m2, phía Tây và Nam giáp quốc lộ 12, phía Đông Bắc và Bắc giáp vườn cao su, phía Tây Nam giáp nhà dân. Địa thể thuận lợi và diện tích rộng lớn giúp việc quy hoạch, xây dựng môi trường cảnh quan khá thuận lợi, do vậy trường được đánh giá là trường có cơ sở vật chất và cảnh quan môi trường rộng đẹp nhất nhì trong huyện. 

 

Bắt đầu sự nghiệp trồng người trên mảnh đất xã Mường Mươn với nguồn nhân lực khiêm tốn, toàn cán bộ giáo viên nhân viên là 27. Khóa học đầu tiên nhà trường đã đào tạo 341 học sinh với 27 học sinh tốt nghiệp THCS năm 2008. Trải qua hơn 10 năm thành lập và hoạt động, đến nay tổng số cán bộ giáo viên nhân viên đã tăng lên 39, số lớp học tăng lên là 12 với 391 học sinh.
 Được sự quan tâm của UBND huyện Mường Chà, sự chỉ đạo của Phòng GD ĐT huyện Mường Chà và chèo lái dẫn dắt của các thầy cô hiệu trưởng từ thầy Nguyễn Văn Tỏ(2007- 2009), thầy Chu Ngọc Phước(2009-2012), cô Nguyễn Thị Minh Hồng(2012-2015), cô Nguyễn Thị Yến(2015-2019), cùng sự đoàn kết nỗ lực của các thầy cô giáo và nhân viên nhà trường mà quy mô trường lớp và chất lượng giáo dục của nhà trường không ngừng tăng lên. Xuất phát điểm, được dự án THCS vùng khó xây dựng hai dãy nhà lớp học với 12 phòng học, không có nhà ở nội trú, nhà công vụ; đến nay trường đã xây dựng thêm được dãy nhà chức năng gồm 1 phòng tin học, 1 phòng Lí – Nhạc, 1 phòng thư viện, 1 phòng thiết bị, 1 phòng hóa sinh, 1 phòng y tế; xây được 17 phòng ở nội trú chia 2 khu nam nữ riêng biệt; 1 phòng bảo vệ, 1 nhà bếp, 1 nhà kho, 1 nhà ăn, hệ thống nhà vệ sinh, bể nước.v.v...
Năm 2007, khi mới thành lập trường chưa có giáo viên và học sinh giỏi cấp trường, cấp huyện. Trải qua 10 năm rèn luyện chuyên môn và đào tạo tiếp theo, nhà trường đã có 3 giáo viên dạy giỏi cấp tỉnh, 16 giáo viên dạy giỏi cấp huyện và 6 cấp trường; 2 học sinh giỏi cấp tỉnh và 37 học sinh giỏi cấp huyện cùng hàng trăm học sinh giỏi cấp trường. Qua mỗi đợt thi đua và cuối năm nhà trường đều bình xét và khen thưởng học sinh có thành tích xuất sắc để động viên khích lệ các em chăm ngoan học giỏi. Với nhiều sự cố gắng của thầy và trò, nhà trường đã được công nhận là trường đạt chuẩn quốc gia vào tháng 01/2015 và Trường được đánh giá đạt kiểm định chất lượng cấp độ 3 vào năm 2016.

Với đặc trưng địa phương có tới 3 dân tộc chính là Mông, Thái, khơ Mú; học sinh ở các bản xa trường nhiều nên phải ăn ngủ tại trường. Do vậy, theo quyết định số 635/UBND huyện Mường Chà, kể từ ngày 06 tháng 6 năm 2011, trường đổi tên thành trường phổ thông dân tộc bán trú trung học cơ sở Mường Mươn (viết tắt trường Phổ thông DTBT THCS Mường Mươn). Từ đó đến nay, số lượng học sinh bán trú ngày càng tăng lên và trường vẫn duy trì mọi chế dộ bán trú cho học sinh theo các quy định hiện hành như tổ chức nấu ăn cho học sinh, thanh toán các chế độ gạo, tiền ăn cho các em. Trường cũng thành lập ban quản lý nội trú, phân công giáo viên quản lý, trực và chăm sóc các em. Hàng tháng, hàng tuần, tổ chức các hoạt động vệ sinh, thể dục thể thao, hướng dẫn trồng và chăm sóc rau,  giáo dục kĩ năng sống, cho các em.